至此，皇太极已经公开暴露了彻底掀翻大明的野心。
    皇太极继位后，即对后金体制做了一系列改革，努尔哈赤时，汉满矛盾十分尖锐，汉人有的向饮水、食盐里投毒，有的把猪毒死后卖给满人，有的拦路砍杀单独出行的满人，皇太极有鉴于此，对汉人要比努尔哈赤时代好很多，他下令对汉人壮丁分屯别居，对汉族投降的人编为民户。与努尔哈赤屠杀儒生不同，皇太极开设科举。努尔哈赤把辽东的汉人知识分子杀得就剩三百个了，全都给八旗当奴隶，皇太极把他们恢复为平民，开科取士，考上的有二百人，这些人一下子由奴隶变为官吏，自然乐于为皇太极卖命。在这批汉奸的帮助下，后金政权不断发展，走向汉化。
    这些汉奸中最著名的就是范文程了，每次议论国事时，皇太极总会问：范章京（清朝对武官的称呼）知道这件事吗？如果国事议论不决，皇太极就说：为什么咱们不去跟范章京商量一下呢？一次范文程跟皇太极一起吃饭，范文程看着一桌子珍馐美味，若有所思，便停下筷子不吃。皇太极猜到范文程是在思念老父亲，于是立即派人把这桌子菜打包送到范文程家里给他父亲吃。
    在范文程辅佐下，皇太极还仿效明朝，设立六部（吏部、户部、兵部、礼部、刑部、工部）、内三院（内国史院、内秘书院、内弘文院）、都察院，后来由于皇太极征服了蒙古人，所以他设立蒙古衙门（崇德三年改称理藩院），专门处理民族事务，随着日后清朝统治地区增多，最终理藩院管辖包括内外蒙古、青海、西藏、新疆的少数民族事务，俄罗斯事务也归理藩院管辖。正是在皇太极统治时期，清国的政治体制确立。
    皇太极初年的改革史称天聪新政，在他刚即位时，明朝这边就立刻做出反应，袁崇焕得到明熹宗的批准后，派遣使者前往祝贺，以刺探虚实。这是明朝与后金第一次正式的外交活动，十年你死我活的战争之后，明朝不得不正视后金的存在，可见要想让敌人承认你，除非你自己足够强大。
    皇太极自然明白袁崇焕使者的来意，于是将计就计，对明朝使者盛情款待。双方就议和事项展开谈判，皇太极深刻明白一个道理，南朝（明朝）虽师老财匮，然以天下之全力，毕注于一隅之间，盖犹裕如也。后金的汉族官员对皇太极说：（和议）成不成亦何损于吾国？和而成，吾坐收其利，以待天时，和而不成，急乘此时长驱直捣我国利于和，彼国不利于和，我国和，而皇上不肯一日不观兵，彼国和，则易为因循，易为怠惰。于是皇太极坚定地主和，在与明朝议和的过程中，皇太极为增加更多筹码，派镶蓝旗旗主阿敏、镶白旗旗主阿济格、镶红旗旗主岳托、贝勒济尔哈朗、总兵李永芳等人率大军十万攻打毛文龙的东江镇。
    东江镇，就是鸭绿江以东地区，这一带是明朝大将毛文龙所控制，紧贴后金腹地，只要有东江镇在，皇太极就不可能安枕。
    朝鲜认为毛文龙必败，为自保倒向后金，向后金大军提供朝鲜服装，于是后金军穿上朝鲜人的衣服来到东江镇的铁山，由于敌人穿的是朝鲜服装，一开始没有引起毛文龙部下的重视，等到后金军发起进攻时，已经晚了。铁山都司、毛文龙的养孙毛有俊等率千余名守军与后金大军血战，战至最后一卒，无人肯降，毛有俊拔刀自刎，壮烈殉国。皇太极不像努尔哈赤那样残忍好杀，此番出兵前皇太极特意嘱咐不可乱杀，所以攻陷铁山后，后金军没有遵循此前努尔哈赤时代每攻陷一座城市就大屠杀的惯例，而是说：我们此番出兵只要杀毛文龙，你们各安生业。
    随后，后金铁骑因为冬天冰冻得结实，从冰上进攻与铁山仅三里之隔的云从岛。毛文龙率部英勇反击，双方在冰面上展开激烈战斗。毛文龙大喝一声：生死在此一举，富贵在此一时，必须放开手脚，大干一场，才能死中求生！说罢冲向了敌军，毛文龙所部面对武器和人数都占优势的后金军，毫不畏惧，浴血拼杀。
    毛文龙身先士卒，左右臂、身上，中了三箭，犹浴血拼杀，此时天上下起冰雹，于是双方只得罢兵。当晚，毛文龙派兵夜袭后金军，后金人数数倍于毛文龙，压根儿没想到毛文龙敢派人来夜袭，不曾防备，被杀得大败。
    后金军毕竟来了八万人（袁崇焕上奏说是十万），而云从岛的毛文龙所部只有不到三万，一场胜利无法改变力量对比，云从岛上有一千多以前被毛文龙所部生擒后归降的女真人，他们想趁机里应外合干掉毛文龙。这一切自然骗不过毛帅，一天毛文龙的几个亲兵公开向他禀报，说这一千多女真降卒一个个身穿铠甲，形迹可疑。
    毛文龙将计就计，推说：他们是要为我出战，不必怀疑。说罢将几个女真降卒首领叫来，问道：我最近几天吩咐每天给你们每人酒一瓶，肉一斤，你们收到了吗？
    其实毛文龙哪下过这种命令，岛上饿得都快人吃人了，怎么可能每天一人一斤肉，故而这几个人自然回答没有。
    毛文龙假装大怒，把负责伙食的人叫来打了三十军棍。
    这几个女真降卒头目见状，都觉得到目前为止自己要造反的情况没有被毛文龙察觉，于是放心睡去。当晚，毛文龙派人将几个降卒头目斩首，而后把一千多以前投降的女真人俱行砍杀，里应外合计划失败，后金军最终没能攻陷云从岛，后金将领阿敏大怒，一看，打毛文龙我打不过，我也不能白来，于是去打朝鲜人，朝鲜人这才叫自作自受，本来想把祸水引向别处，不成想祸水还是来了。阿敏率军攻入平壤，朝鲜国王李倧一面仓皇出逃，一面遣使向明朝和毛文龙请罪，说给后金军朝鲜人军服不是自己的主意，而是臣子所为，请求援救。