就在事情被杨所修和陈尔翼搅乱了的时候，越来越多的人抱着跟杨所修一样的心理，看出崇祯城府极深，知道魏忠贤必挂，于是纷纷上奏弹劾崔呈秀，魏忠贤明白，必须牺牲崔呈秀了。他让崔呈秀提出辞呈，崇祯也顺水推舟批准了，兵部尚书被罢官，由此兵权收归崇祯己有。
    见魏忠贤的手下阉党二号人物就这样被魏忠贤抛弃了，其他人纷纷上奏与魏忠贤划清界限，领导不够意思，那就休怪员工翻脸了，墙倒众人推的时刻到了。此时，已经胜券在握的崇祯夺去魏忠贤一切职务，但是保留了他的爵位，把他发配到朱元璋祖坟凤阳。可是被罢官的魏忠贤依然拥有一千名卫兵，一个待罪的宦官还如此跋扈，崇祯大怒，下令将魏忠贤缉拿回京。
    魏忠贤的死党李永贞得知崇祯帝的谕旨后，连夜派心腹李朝钦飞骑追赶魏忠贤密报。李朝钦在一个名叫新店的地方赶上了魏忠贤一行。此日晚上，他们一行人到达阜城（今河北阜城，当时属京畿）投宿。魏忠贤与李朝钦两人举杯痛饮。据说两人酒至酣处，忽听窗外有人唱起一首小曲《挂枝儿》。曲云：
    听初更，鼓正敲，心儿懊恼。想当初，开夜宴，何等奢豪。进羊羔，斟美酒，笙歌聒噪。如今寂寥荒店里，只好醉村醪。又怕酒淡愁浓也，怎把愁肠扫？
    二更时，辗转愁，梦儿难就。想当初，睡牙床，锦绣衾裯。如今芦为帷，土为炕，寒风入牖。壁穿寒月冷，檐浅夜蛩愁。可怜满枕凄凉也，重起绕房走。
    夜将中，鼓咚咚，更锣三下。梦才成，又惊觉，无限嗟呀。想当初，势倾朝，谁人不敬？九卿称晚辈，宰相谒私衙。如今势去时衰也，零落如飘草。
    城楼上，鼓四敲，星移斗转。思量起，当日里，蟒玉朝天。如今别龙楼，辞凤阁，凄凄孤馆。鸡声茅店月，月影草桥烟。真个目断长途也，一望一回远。
    闹嚷嚷，人催起，五更天气。正寒冬，风凛冽，霜拂征衣。更何人，效殷勤，寒温彼此。随行的是寒月影，吆喝的是马声嘶。似这般荒凉也，真个不如死！
    据说这是京师一位姓白的书生所作。当时魏忠贤、李朝钦在房中喝酒时，这位白书生在外厢房彻夜吟唱，听得魏忠贤是无限感慨，万念俱灰。于是魏忠贤说道：似这般荒凉也，真个不如死！
    魏忠贤选择了死！天启七年十一月四日（1627年12月11日）凌晨，魏忠贤在寓所上吊自杀，他的死党李朝钦也在一旁上吊。一代巨阉结束了一生。在此前几天，魏忠贤死党崔呈秀也上吊自杀。
    魏忠贤死后，崇祯为被魏忠贤迫害致死的东林党人杨涟、左光斗（史可法的老师）等人平反，将客氏斩首，将魏忠贤的尸体刨出来凌迟。而后崇祯重新整理了一下最近一段时间所有与魏忠贤划清界限的奏折，本来崇祯不知道谁是阉党，这下可好，按名单抓人即可，魏忠贤手下五虎除崔呈秀已死外，其余四人斩杀，崔呈秀被从棺材里刨出来戮尸，五彪全杀，十狗、十孩儿、四十孙分别处以斩首、流放、充军、罢官的处罚，此外还有除此之外的那些上奏跟魏忠贤划清界限的，一律罢官，阉党总共有二百六十一人受到死刑到罢官不等的处罚，朝堂之上，重新见了尧天舜日。
    关于魏忠贤的记载众多，本文主要参考资料为刘若愚《酌中志》和朱长祚《玉镜新谭》。
    从继位到除掉魏忠贤，三个月都不到，崇祯显示出了作为一个成熟的政治家的本色，此时，内部肃清，崇祯把目光投向了辽东。
    皇太极成了他的头号敌人，但如果与皇太极相比，崇祯就逊色多了。
    崇祯不如皇太极的有三点：
    一，崇祯即位时才十七岁，皇太极即位时三十五岁，崇祯当权时还是个孩子，而皇太极已经是成熟的中年人了，虽然崇祯在除掉魏忠贤的表现上堪称天才，但如果与久经沙场的皇太极相比，他还是有太多该学习的地方。
    二，崇祯生于深宫之中，长于妇人之手，而皇太极长在马背上，沙场拼杀多年，崇祯在阅历、军事上远差于皇太极。
    三，崇祯是在没有任何竞争者的情况下，喜从天降，得了皇位，而皇太极是在努尔哈赤的十六个儿子中经过激烈角逐脱颖而出的。换句话说，皇太极的皇位是竞争出来的，而崇祯的皇位是天上掉下来的，由此崇祯又输了一回。
    此时大明王朝传到崇祯手里，就像一座曾经豪华美不胜收的庄园，几经风吹雨打，渐渐走向衰败腐朽，雕栏玉砌犹在，只是已经斑斑驳驳，曾经遮风避雨的房顶已经是外边小雨屋里中雨，外边中雨屋里大雨，外边大雨屋里暴雨了。
    但实际上暴雨只来自东北一个方向，内部祸患魏忠贤刚刚平定，东北只是辽东被后金占据，整个中国几乎都还在大明控制范围内，此时只要有一个成熟稳重、精通战略、手腕非凡的领袖来驾驭的话，加之东北有毛文龙在，那么一定能攻灭后金，实现大明中兴。然而十七岁就显出政治天才的崇祯却最终使得那些虽然腐朽，但还能维持若干时间的梁柱加速坍塌，明朝在崇祯领导下一天不如一天，一会儿不如一会儿，一阵不如一阵，那么究竟为什么会这样？这一切都要从袁崇焕杀毛文龙说起。
    第十三章　悲情英雄毛文龙
    1627年，崇祯皇帝在罢黜全部阉党后，开始组阁。《崇祯长编》记载：十二月二十三日，崇祯帝要朝廷大臣推举内阁大臣，大家共推举出十位候选人，然后从中确定七位。由于旧的大臣大多因为是阉党而被罢黜，新的朝臣都是东林党人，这些人崇祯都不了解，他就采纳了《尚书》记载的枚卜功臣的办法，即通过占卜来最终确定人选。具体做法是，崇祯在小桌上摆设笔砚和十张红纸，将十位候选人的名字分别写在红纸上，每张纸写一人姓名做阄，团成一个小纸团，然后把十个纸团装进小金瓶里。崇祯亲自用筷子从里面夹取七个纸团，每夹出来一个，就展开遍示众臣，就这样选出了六个大臣。不是说需要选七个吗？那一个纸团崇祯刚夹出来，就被风吹走找不到了。当然，后来这个纸团又找到了，就这样崇祯的内阁大臣就齐装满员了。