永平、遵化、滦州、迁安被明军收复，皇太极有被断后路的危险，而眼前北京城显然不可能攻下，于是皇太极下令撤退，此次北京保卫战结束。
    在城下，皇太极临撤兵前说：城中痴儿，朕取之易如反掌，但其疆域尚强，非旦夕可溃者。得之易，守之难，不如我简兵练旅，以待天命可也！（《啸亭杂录》卷一）
    皇太极班师沈阳后，以阿敏在临撤退前将永平四城投降汉人全部屠杀为由将他终身圈禁，后阿敏死于狱中，至此四大贝勒还剩皇太极、代善、莽古尔泰三人。
    这次北京保卫战，后金十万人孤军深入，其实是犯了兵家大忌，长城沿线各关隘依然在明朝手里。若明朝能在京城外与敌人长期相持，再集中数倍于敌的大军封锁长城关隘（这对明朝不是难事），将其合围，后金十万大军必将陷入死地，即使皇太极能侥幸突围，后金也必定元气大伤。假如崇祯更有胆气一些，一面调集内地兵马援救京城，一面让祖大寿戴罪立功，告诉他只要率辽东兵北攻下后金老窝，就释放袁崇焕。祖大寿带兵北伐，引后金军回援，再于半路截杀，也就是围魏救赵之法，那更是一刀捅进后金心窝，后金势必一战即亡。第二次世界大战中斯大林格勒之战，朱可夫就是指挥苏联红军先守住斯大林格勒，然后派兵抄德军后路，最终把斯大林格勒城一带的德军困死，歼灭德军三十三万人。然而，历史没有如果，崇祯绝非朱可夫。
    皇太极走了，该论功行赏、论过斩杀了。崇祯亲自接见秦良玉，封她为一品夫人，并赋诗赠给她。诗云：
    蜀锦征袍手制成，桃花马上请长缨。
    世间不少奇男子，谁肯沙场万里行？
    学就西川八阵图，鸳鸯袖里握兵符。
    由来巾帼甘心受，何必将军是丈夫。
    露宿风餐誓不辞，饮将鲜血代胭脂。
    凯歌马上清平曲，不是昭君出塞时。
    凭将箕帚作蝥弧。一派欢声动地呼。
    试看他年麟阁上，丹青先画美人图。
    孙承宗、秦良玉等功臣受封赏后，该收拾袁崇焕了，袁崇焕知道自己来日无多，于是在监狱中写了几首诗。其一是《狱中对月》：
    天上月分明，看来感旧情。
    当年驰万马，半夜出长城。
    锋镝曾求死，囹圄敢望生。
    心中无限事，宵柝击来惊。
    囹圄中，袁崇焕更忆亲人，故作有思念老母的《忆母诗》：
    梦绕高堂最可哀，牵衣曾嘱早归来。
    母年已老家何有，国法难容子不才。
    负米当时原可乐，读书今日反为灾。
    思亲想及黄泉见，泪血纷纷洒不开。
    读书多年终成进士，机缘巧合效命辽东，最终却也因辽事而丧命，他也知道由于杀了毛文龙，自己国法难容，此时母亲已经不可能与自己见面了，思前想后，自己与母亲只能黄泉再见了，昔日郑庄公黄泉认母只是模拟一个叫黄泉的地方与母亲再见，而自己却真的只能跟母亲黄泉再见了。
    想到此，袁崇焕作了一首绝命诗：
    一生事业总成空，半世功名在梦中。
    死后不愁无勇将，忠魂依旧守辽东。
    从崇祯将袁崇焕逮捕，到最终处死袁崇焕，其中隔了九个月的时间，那么这九个月崇祯在干什么呢？本来崇祯还在犹豫如何处置袁崇焕，此时，想加盟内阁的温体仁和周延儒为了扫清障碍;内阁大学士钱龙锡，于是就拿袁崇焕下手了。
    钱龙锡跟袁崇焕关系不错，此前咱们交代过，袁崇焕就是跟钱龙锡最先说自己要杀毛文龙的，而袁崇焕此时在狱中，只要往死里整袁崇焕，钱龙锡必然受牵连，然后温体仁和周延儒就能成功加盟内阁，成为一人之下万人之上者。
    于是他们组织御史言官集体弹劾袁崇焕、钱龙锡，说钱龙锡与袁崇焕相互勾结，袁崇焕贿赂钱龙锡几万两银子，等等。
    其实在明朝，大臣收受贿赂，除了朱元璋时期必死外，剩下的时候就那么回事儿，大家都睁一眼闭一眼，毕竟谁的屁股都不干净。
    可是，袁崇焕是边境大将，钱龙锡是朝廷重臣，边境大将和朝廷重臣走得太近意味着什么？可能要谋反啊，要里应外合啊！最终崇祯下定决心杀袁崇焕。之所以崇祯从逮捕袁崇焕到杀他用了九个月，还有一个原因在于皇太极此番虽然撤兵，但他留了一部分余部在关内，直到袁崇焕被逮捕七个月后，崇祯三年（1630年）六月才全部退出，在此期间崇祯还要用祖大寿的关宁铁骑来抗击敌军，所以一时不能动袁崇焕，直到后金军完全退出长城，祖大寿领兵回到辽西，崇祯才对袁崇焕定罪、动刀。
    崇祯以如下罪状给袁崇焕定罪：
    谕以袁崇焕付托不效，专恃欺隐，以市米则资盗，以谋款则斩帅，纵敌长驱，顿兵不战，援兵四集，尽行遣散，及兵薄城下，又潜携喇嘛，坚请入城，种种罪恶。命刑部会官磔示，依律家属十六以上处斩，十五岁以下给功臣家为奴。今止流其妻妾，子女及同产兄弟于二千里外，余俱释不问。（《崇祯长编》卷三七）
    那么袁崇焕这些罪名都是真的吗？咱们逐一分析。
    一，付托不效。这是指崇祯皇帝命袁崇焕为蓟辽督师，指望他五年复辽，而他辜负了皇帝的嘱托，致使后金军队长驱直入，攻打京师，给明朝带来极大的震动和损失。（按：这个事嘛，崇祯的确苛责了袁崇焕，因为后金军是绕过了袁崇焕的直接防区杀向北京的，而袁崇焕在得知了皇太极大军杀到之后，就立即阻截，先后在遵化、蓟州、通州拦截后金军，可惜的是都没碰上，或曰都失败了。因此这一条不算数。）