祖大寿的弟弟祖大弼一身是胆，人称祖二疯子，一天夜里他率敢死队一百二十人缒城而下，每个人都戴上后金军的大辫子，以浑水摸鱼。此时皇太极还没睡觉，正在看文书，祖大弼手拿大刀冲入皇太极的大帐，接连砍倒数人。皇太极忙拔出腰间佩剑，挡住祖大弼的大刀，两人刀剑你来我往，皇太极渐渐不支。就在此时，阿济格带领侍卫十人赶到护驾，皇太极死里逃生。赶来的后金军越来越多，祖大弼大喝一声，冲出重围，在城下祖大寿派兵接应，祖大弼安然回城。回城后点将，发现带出的一百二十人全数回城，无一阵亡，仅有数人受伤。三国时有甘宁百骑劫曹营，战后百骑未折一人，祖大弼可谓不让古人。
    然而一场夜袭无法改变整个战局，祖大寿坚守几个月后，城内断粮，马肉鼠肉雀肉食尽之后，开始出现人吃人现象。供役筑城的近万名工匠、城内的商贾平民、士兵中身体羸弱的先后被吃掉。炊骨析骸，古所没有，人肉都吃光了，用骨头来点火做饭，足见大凌河城内已经成了人间地狱。（《清太宗实录》卷十）
    祖大寿真的撑不下去了，再吃就是吃自己的士兵了，与此同时皇太极先后七次写劝降书给祖大寿，最终祖大寿决定投降，并送儿子祖可法到后金营中为人质。由于祖大寿的家属大部分在锦州，他表示投降后希望后金不要声张，再替后金赚开锦州城。大凌河守将除何可纲外，都随祖大寿降后金。祖大寿把何可纲押至城外，当着两军将士的面，斩杀何可纲。何将军临死大笑：宁为大明鬼，不为鞑子奴！
    随后祖大寿与皇太极盟誓，皇太极说：凡此归降将士，如果我们杀害他们，拆散他们妻子，收缴其财物牲畜，则我遭天谴，减我阳寿。若归降将士，怀欺挟诈，归降后再叛逃，则定遭天谴，减阳寿。
    祖大寿说：祖大寿等，遇满洲国兵，围困三月，军饷已尽，率众出降，倾心归汗。（《清太宗实录》卷十）
    当晚，祖大寿到后金大营，皇太极亲自出迎，两人见面，祖大寿刚要行跪拜礼，皇太极止之，与他行抱见礼。这种满族礼仪是两个大老爷们见面，拱手作揖后，互屈一膝，相互左肩碰右肩，再右肩碰左肩，然后拥抱。这是女真人的最高礼仪。
    第二天，皇太极采纳祖大寿建议，命后金军四千多人着明军军装，跟祖大寿的三百多人一起做溃逃状，希望赚开锦州城门。由于天降大雾，后金军走丢了，祖大寿便提出自己先入城，趁机斩杀明将后再拥兵献城（此为明朝这边的记载，《清太宗实录》则记载是皇太极主动提出放祖大寿）。皇太极信以为真，派祖大寿与其侄子祖泽远前往锦州。
    祖大寿到锦州后，派人至后金大营报称锦州明军太多，表示要从容图之，自己先在城内做内应，今后适当时机再献城。皇太极无奈，率军返回。
    祖大寿回锦州后，对巡抚邱禾嘉说自己是突围而出。不久事泄，由于朝廷正是用人之际，祖大寿是关宁铁骑的总指挥，崇祯没有杀他，而是让他入京面君。祖大寿心中有鬼，不敢入京，借故推辞。但从此开始，十年内，祖大寿一直没有与皇太极再联系，一心一意守卫锦州。十年之后，松锦大战，祖大寿才真正降清。
    在与大明辽东争锋的同时，皇太极把兵锋对准了蒙古，漠南蒙古最强者为察哈尔部林丹汗（他是成吉思汗的子孙，明朝一些典籍将他称作虎墩兔），察哈尔部兵强马壮，有四十万人，林丹汗曾说：南朝止一大明皇帝，北边止我一人。努尔哈赤时林丹汗就曾遣使后金，在文书中狂妄地说：统四十万众蒙古国主巴图鲁成吉思汗，问水滨三万人满洲国主。各位贝勒大怒，主张将林丹汗来使一半斩杀，另一半砍掉鼻子耳朵后放回去报信。努尔哈赤对林丹汗使臣的处置还是比较文明的，他说：两国交战不斩来使，把林丹汗使臣先扣下，然后自己派使臣去与林丹汗交涉，问问林丹汗为何这么狂。结果林丹汗也跟努尔哈赤一样，把后金的使者扣下，而努尔哈赤却误闻自己的使者被杀，于是大怒，心说林丹汗我给你脸你却不要，这才把林丹汗的使者斩杀。刚杀死林丹汗的使者，努尔哈赤的使者就从林丹汗处买通看守逃回来了。虽然是一场误会，但林丹汗听说自己的使者被努尔哈赤斩杀后，大怒，于是双方正式结仇。努尔哈赤死后，林丹汗恃兵强马壮而不断欺凌各部，漠南蒙古喀尔喀部、巴林部、喀喇沁部、扎鲁特部、阿鲁部纷纷归顺皇太极，至此察哈尔部越发孤立，皇太极的机会来了。
    1628年皇太极第一次征讨林丹汗，将其打得大败，林丹汗被迫从内蒙古东部迁徙到河套一带。1633年皇太极第二次征讨林丹汗，林丹汗得知消息后率部一路狂逃，结果导致皇太极此番颗粒无收，仅斩杀察哈尔部一人，生擒六人。内蒙古的沙漠险些让皇太极全军覆没，在部队断粮时，突然见黄羊遍野，不可数计，遂杀死数万。其中皇太极一人就射死了五十八只黄羊，若无这些黄羊，皇太极的大军怕是都去见努尔哈赤了。当时酷暑难耐，水也几乎断了，还有富余的水的士兵做起了生意，一头黄羊换水一碗。
    既然出兵，不能白来，于是皇太极率军攻入大明境内的宣化、大同，进行大屠杀，烧杀抢掠，房屋仅存原来的十分之一，死尸腐烂，无人收尸，死尸盈街遍野，连井里都被死尸填满，臭秽难闻。这是继己巳之变后皇太极第二次南侵。1635年皇太极第三次征讨林丹汗，此番最终歼灭察哈尔部，林丹汗逃亡青海，途中得天花而死。林丹汗是成吉思汗的第二十二世孙，整个明朝，元朝的残余势力都一直存在，至此，随着林丹汗之死，元朝残余势力彻底覆灭。林丹汗死后，其子归降，并献上传国玉玺和氏璧。和氏璧从秦始皇用到后唐，末帝李从珂怀传国玺登玄武楼自焚，传国玺就此失踪。宋朝时又出现所谓的和氏璧，其实就是假的了，这个假的和氏璧一直用到元顺帝时，据说这颗玉玺元顺帝北逃时还带在身边，他死后玉玺丢失，二百多年后，一个牧羊人见一只羊三天不吃草，用蹄子不停刨地，牧羊人好奇，挖地竟得到玉玺，后来将玉玺献给林丹汗。此次皇太极得到玉玺，大喜过望。他当然不知和氏璧之真假，他以为这就是一统万年的征兆。