焕言文龙跪而请死，正见其从容就义，所畏者国家三尺。如蒙二心，不第目无焕，抑且目无朝廷，死生大矣，宁肯长跪以服上刑？况毛亦有赐剑，将亦曰有旨，崇焕将何以自保？幸毛之自持一片忠赤，不以白刃而稍有动摇。
    这段话的意思是，毛文龙也有尚方宝剑，假如毛文龙拿尚方宝剑来杀袁崇焕的话，袁崇焕就没招了。其实吴惟英的这种解释说不通，毛文龙的尚方宝剑是明熹宗给的，而袁崇焕的尚方宝剑是崇祯给的，前者已经死了，而后者才是当今圣上，显然崇祯的尚方宝剑才更好使。话又说回来，崇祯在赐给袁崇焕尚方宝剑后，把此前明熹宗赐给满桂和王之臣（辽东巡抚）的尚方宝剑都收了回来，辽东只有毛文龙的尚方宝剑没收回来，崇祯的意思已经很明确，让袁崇焕与毛文龙精诚团结，而不是用尚方宝剑来压毛文龙，可袁崇焕连这层意思都没明白，反而拿尚方宝剑杀了毛文龙。
    袁崇焕拿出尚方宝剑后，毛文龙的部下也纷纷跪在地上，袁崇焕对毛文龙的部下说：毛文龙不过是一个匹夫罢了，因为他守卫边疆，官至都督，满门封妻荫子，酬劳足够了吧？他竟然欺骗朝廷，无法无天！我们要五年复辽，就要奉行列祖列宗制定的国法，今日不斩文龙，何以惩后？皇上赐给我尚方宝剑，正是这个原因。如果我不能五年复辽，请求圣上到时像我杀毛文龙那样杀我！说罢将毛文龙斩首。毛文龙时年五十三岁。
    杀毛文龙后，袁崇焕为了安抚东江镇的毛文龙部下，假惺惺地亲自到毛文龙灵柩前祭拜，并说：昨日斩尔，乃朝廷大法，今日祭尔，乃僚友私情。说着说着就哭了。袁崇焕此举比曹操祭祀袁绍还要假，曹操祭祀袁绍除了安抚袁绍旧部外，的确有些真情，毕竟二人是儿时玩伴，而袁崇焕祭祀毛文龙则纯粹是猫哭耗子。
    袁崇焕居然有脸说昨日斩尔，乃朝廷大法，那我们就来说说什么是明朝杀人的朝廷大法。
    在明朝要想杀一个人是很难的，所有人犯了罪都要先接受审讯，都察院与大理寺、刑部共同审理案件，刑部管审案子，都察院负责纠察，大理寺负责驳正，合称三法司。三法司共同审理完案子，定案后才能确定是否要处以死刑。只要不是谋反罪，那就不是斩立决，而是秋后问斩，而秋后问斩的人的名单必须拿到皇帝那里去复核，皇帝批准的方式是打钩，每年刑部官员会把判死刑的人的全部名单让皇帝打钩，打钩一个杀一个。一般情况下，明朝皇帝在打钩的时候不是全打钩，而是钩一部分，留一部分不打钩，以显得天恩浩荡，少杀生。当然，如果你真犯了死罪，这样想逃生的话，也是悬，万一皇帝把你的名字打钩了怎么办？有办法，贿赂皇帝身边的司礼太监，他们负责奏折，只要你给他们钱，他们就会钻空子，毕竟皇帝每天公务很多，不可能光打钩，太监可以把写着你名字的那份奏折放到一摞奏折的最下面，皇帝一份一份看，肯定今天看不完，明天再把新的一摞奏折放上面，写着你名字的那份名单永远在下面，就这样你就永远死不了，明朝就有一个人，从判处秋后问斩到死，用了二十多年，最后还是自己病死的。说这些就是想说，在明朝杀一个普通人都很难，然而袁崇焕却绕开三法司，擅自杀了一品武官毛文龙，可见他惹了多大祸，这为他自己的死埋下了祸根。
    有人会说袁崇焕有尚方宝剑，所以可以替天子杀人，而明朝祖制规定，即便有尚方宝剑，杀三品以上官员也要奏报天子批准方可，毛文龙可是东江镇总兵、平辽总兵官、太子太保，朝廷的一品大员啊！整个明朝二百六十八年间，敢拿着尚方宝剑不经奏报就直接杀一品大员的，唯袁崇焕一人而已。
    有人以崇祯在袁崇焕杀毛文龙后的批示，来作为崇祯支持袁崇焕杀毛文龙的证据：
    毛文龙悬踞海上，糜饷冒功，朝命频违，节制不受。近复提兵进登，索饷要挟，跋扈叵测。且通夷有迹，犄角无资，掣肘兼碍。卿能周虑猝图，声罪正法。事关封疆安危，阃外原不中制，不必引罪。一切处置事宜，遵照敕谕行，仍听相机行。
    其实不然，因为他已经把辽东全盘托付给了袁崇焕，将在外君命有所不受。崇祯本身是很器重毛文龙的，就冲辽东只有毛文龙的尚方宝剑还没收回就可看出，但现在毛文龙已经死了，人死不能复生，如果以此追究袁崇焕，势必会影响袁崇焕五年复辽，只要袁崇焕能实现五年复辽，那么一切都可以由着袁崇焕来。当然，也正因此袁崇焕更是把自己逼上了绝路，只要他不能实现五年复辽，那么他的下场一定比毛文龙更惨，历史果然如此。
    毛文龙的死讯传开后，据一直抱着丑化毛文龙态度的《李朝实录》记载：许监军者以经略差官来到椵岛（即皮岛），安顿军兵。岛中将卒闻其死，皆哭云
    岛上的将卒听说毛文龙的死讯后，都哭了，朝鲜人自从丁卯之役要害毛文龙没成功，却被后金一顿痛揍后，就一直对毛文龙持丑化态度，因此他们不存在为了美化毛文龙而故意编造事实的问题。所以毛文龙死后岛上军民一起痛哭的事一定是真的。
    可是岛上军民为什么要哭呢？是毛文龙生前给了他们什么物质上的好处吗？恰恰相反，他们在毛文龙手下一直是衣不蔽体，食不果腹，天天把脑袋别在裤腰带上。那究竟为什么毛文龙死后他们齐声痛哭呢？