毛文龙在自己的奏折里其实早就给出了答案，看得奴之情与他虏异，辽人之情与各边异。御虏之法，复辽之方，其机括又不可恒情拘，须用水火之民，鼓之大义，动以良心，自可致其死力。
    毛文龙把辽东如同水火的民众晓以大义，凭着自己精忠报国的人格和侠肝义胆终于能让他们在东江致其死力。
    毛文龙在天启七年的时候说但恐臣在似无益于疆场，臣死未必不足为神京虞，这句话一语成谶，就在毛文龙刚死三个多月，面对明朝的兵锋从来没出过辽宁省的后金在皇太极率领下长驱直入，杀到北京城下，这就是己巳之变，后面我们会详细说。有毛文龙在，后金不敢走远，一走远就会被毛文龙端掉老窝，于是一直只是在辽东辽西进攻，袁崇焕的关宁锦防线就能起到作用；毛文龙一死，后金再无后顾之忧，于是就可以绕开关宁锦防线，经蒙古从河北西北部直扑北京，此后这种事共发生过五次。足见毛文龙之重要性。
    毛文龙死后，天下冤之，《明季北略》说：袁崇焕捏造十二条罪状，矫制杀毛文龙，与秦桧以十二道金牌矫诏杀岳飞，古今如出一辙！《明季北略》还记载，毛文龙死后，清主大喜，置酒高会。
    《辽海丹忠录》说毛文龙：
    以忠遭疑，以忠得忌，铁铮铮一副肝肠，任是流离颠沛，不肯改移；热腾腾一点心情，任是饮刃断头，不忘君父，寸心不白，功丧垂成，一时几昧是非，事后终彰他忠荩，这又是忠之变，忠之奇。
    敌未亡兮弓已藏，令人挥泪吁苍苍。驱除未竟英雄志，萋菲犹污烈士肠。驱除未竟英雄志（没写错，原文如此），变生绕柱骇秦王。素车白马东溟上，一派雄心未易降。
    八载艰辛固海东，神谋所向着奇功。旗骞夜月强胡缚，马蹴春冰丑虏空。百万黔黎歌德盛，千群铁骑泣恩隆。可堪功大还招忌。血洒平原野草中。
    吴惟英《挽毛大将军》：
    昨夜营星色黯然，讣音忽向路人传。但嗟韩信成擒日，不见蒙恬御敌年。功业已沉沙碛雨，精灵犹锁海门烟。好收战骨鸱夷里，归葬西湖岳墓边。
    佚名《毛将军歌》：
    八载艰辛拥铁衣，将军百战夺城池。旌飘杀气鼋鼍徙，帜卷腥风岛屿迷。赤手擎天扶日月，丹心报国靖边陲。尘沙猎猎吹人面，钲鼓填填动马蹄。慷慨一生浑是恨，悠游千古复何悲。东来未遂吞胡志，南下那堪蹈逆机。气压苍山云敛彩，魂摇白刃日含晖。穷荒剑瘗神仍在，绝海舟焚势与摧。事业已随烟尘灭，功名都逐浪涛归。明庭四纪空肝胆，青史千秋有是非。泪雨暗滋官路草，精灵虚拂故园薇。新蒲细柳春犹在，谁为招魂吊水湄。
    《表忠录》：
    呜呼！自文龙宿兵岛中，敌竟岁无一骑阑入关，马牛羊驴盈满野。洎文龙为奸刃所害，不数月入喜峰口，大破，杀总兵满桂、赵率教，遂长驱薄都城，万口匈匈，皆指谓崇焕蠚我，不可以谬一时，后世顾可得欺耶？且清兴非骨肉而王者四人，其一为吴三桂，其三人皆其所故部，彼非有盖世之劳而致是，所部若然，则文龙可知矣。
    清朝开国将领中封王的汉人，除了吴三桂外，尚可喜、耿仲明、孔有德都是毛文龙的部下，可见毛文龙麾下战将之勇。
    袁崇焕杀毛文龙后，毛文龙麾下孔有德、耿仲明诸将哗变，拒绝再听蓟辽督师袁崇焕号令，投奔登州莱州巡抚孙元化，孙元化接受了他们，孔有德被任命为骑兵参将，耿仲明则被派往登州要塞。
    崇祯四年（1631年）八月，皇太极率清兵攻大凌河（今辽宁凌海），祖大寿受困城内（详见后文）。孙元化急令孔有德以八百骑赶赴前线增援，然登州辽东兵与山东兵素来不和，孔有德抵达吴桥时，遭遇暴雨，此时部队给养不足，有一士兵抢了山东望族王象春的家仆的一只鸡，本来不是什么大事，但是这个士兵也够水的，跟了毛帅这么些年，连一只鸡都没抢过来，当场被王象春的家丁按倒在地，而后被游街。
    被游街现眼的滋味不好受，尤其是偷鸡贼，名声更差，这个士兵在游街过程中血性被激发出来，他拔刀杀了家仆，跑了。作为山东望族的王家自然不干，要求查明真相，孔有德怒了，辽东战局岌岌可危，你因为一只鸡跟我的部队过不去，于是他在吴桥发动叛变，把王家灭族，在山东境内连陷临邑、商河、青城诸城，率兵直趋登州。守登州的同为东江镇老将的耿仲明打开城门，于是孔有德攻陷登州。孔有德也算念旧之人，当初孙元化收留了他们，所以他也没为难孙元化，把他放了（后崇祯因登州兵变大怒，杀孙元化）。登州是明军制造新式火炮和训练炮兵的基地，有近百名葡萄牙等国外籍炮师与工匠，以及大批经过训练的炮兵，俱为叛军所获。
    崇祯得知登州兵变后大怒，派大军镇压，与此同时东江镇也发生兵变，袁崇焕派来接替毛文龙的总兵黄龙被叛军割掉耳朵和鼻子，孔有德、耿仲明率军携带登州的二十门红夷大炮、三百门西洋火炮、三千匹战马乘登州的战舰渡海来到东江镇。而后他二人写信给皇太极，信中说：本帅现有甲兵数万，轻舟百余，大炮、火器俱全。有此武器，更与明汗同心协力，水陆并进，势如破竹，天下又谁敢与汗为敌乎？皇太极得信大喜，亲自出郊十里迎接。至此，明朝的红衣大炮等先进武器清国也有了，明朝在武器上也不占优势了。后金还因此而拥有了海军。在孔有德、耿仲明投敌后不久，东江镇大将尚可喜也投奔了后金，至此东江旧将悉叛。皇太极封孔有德恭顺王、耿仲明怀顺王、尚可喜智顺王。